Do vzniku České inspekce životního prostředí (1991) zabezpečovala dozor nad ochranou vod Státní vodohospodářská inspekce (později Česká vodohospodářská inspekce), zřízená v roce 1960 jako odborný kontrolní orgán pro vodního hospodářství. Teprve začleněním do České inspekce životního prostředí se tato instituce stala orgánem státní správy na úseku vodního hospodářství s oprávněním ukládat finanční sankce a opatření k nápravě.
Hlavní povinností úseku ochrany vod je dozor nad dodržováním zákona č. 254/2001 Sb., o vodách a předpisů a rozhodnutí podle něj vydaných. Tato činnost zahrnuje kontroly u zdrojů znečištění, resp. ohrožení jak komunální, tak průmyslové a zemědělské sféry.
Inspekce je povinna vyžadovat odstranění zjištěných nedostatků a závad, jejich příčin a škodlivých následků, a ukládat opatření k jejich odstranění a nápravě a viníky pokutovat. V případě, že dochází k velmi závažnému ohrožení životního prostředí, je inspekce oprávněna nařídit zastavení výroby nebo jiné činnosti, která ohrožení způsobuje a to až do doby odstranění nedostatků nebo jejich příčin.

• vypouštění odpadních vod do vod povrchových a podzemních,
• vypouštění odpadních vod s obsahem zvláště nebezpečných závadných látek do veřejných kanalizací,
• výstavbu, provoz a údržbu čistíren odpadních vod a jiných zařízení ke zneškodnění, snížení nebo odstranění znečištění vod,
• ochranu povrchových a podzemních vod před znečištěním závadnými látkami, které nastává především při manipulaci s těmito látkami ve větším rozsahu,
• dodržování ustanovení vodního zákona o poplatcích za vypouštění odpadních vod do vod povrchových znečišťovateli.

Při havarijních únicích závadných látek do vod je inspekce jedním z orgánů, které jsou oprávněny vyšetřovat jejich příčiny, ukládat opatření k odstranění těchto příčin a zjištěné nedostatky sankcionovat. Od doby účinnosti zák. č. 254/2001 Sb. vede inspekce centrální evidenci havárií ohrožujících jakost povrchových a podzemních vod. Specifickým problémem jsou před privatizací vzniklé kontaminace podzemních vod, horninového prostředí, staveb a nevyhovující skládky. Inspekce ukládá rozhodnutí o nápravných opatřeních a kontroluje průběžně jejich plnění.

Od roku 2000, kdy nabyl platnost zákon č. 353/1999 Sb. o prevenci závažných havárií způsobených vybranými nebezpečnými chemickými látkami a chemickými přípravky, který  byl novelizován zákonem č. 59/ 2006 Sb. , zpřísňuje podmínky pro provoz vybraných zařízení a objektů, v nichž je umístěna vybraná nebezpečná látka či chemický přípravek, vykonává oddělení ochrany vod působnost ČIŽP také v agendě tohoto zákona.

Území oblastních inspektorátů ČIŽP vymezené obcemi s rozšířenou působností: Obce s roz pusobnosti-vsechny.xls

Seznam právních předpisů v ochraně vod:

1. Zákon č. 254/2001 o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), jak vyplývá z pozdějších změn.
2. Zákon č. 76/2002   o integrované prevenci a o omezování znečištění, o integrovaném registru znečišťování  a o změně zákonů.
3. Zákon  č. 167/2008  o předcházení ekologické újmě a o její nápravě a o změně některých zákonů.
4. Zákon č. 59/2006 o prevenci závažných havárií způsobených vybranými nebezpečnými chemickými látkami nebo chemickými přípravky a o změně zákona 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících předpisů, a zákona č. 320/2002 Sb., o změně a zrušení některých zákonů v souvislosti s ukončením činnosti okresních úřadů ve znění pozdějších předpisů.
5. Zákon č. 25/2008 o integrovaném registru znečišťování životního prostředí a integrovaném systému plnění ohlašovacích povinností v oblasti životního prostředí a o změně některých zákonů.
6. Vyhláška MŽP č. 293/2002 o poplatcích za vypouštění odpadních vod do vod povrchových.
7. NV č. 103/2003 o stanovení zranitelných oblastí a o používání a skladování hnojiv a statkových hnojiv, střídání plodin a provádění protierozních opatření v těchto oblastech.
8. NV č. 61/2003 o ukazatelích a hodnotách přípustného znečištění povrchových a odpadních vod, náležitostech k povolení vypouštění odpadních vod do vod povrchových a do kanalizace a o citlivých oblastech.
9. NV č. 416/2010 Sb. o ukazatelích a hodnotách přípustného znečištění odpadních vod a náležitostech povolení k vypouštění odpadních vod do vod podzemních
10. Vyhláška č. 125/2004 kterou se stanoví vzor poplatkového hlášení a vzor poplatkového přiznání pro účely poplatku za odebrané množství podzemní vody.
11. Vyhláška č. 450/2005 o nakládání se závadnými látkami a náležitostech havarijního plánu, způsobu a rozsahu hlášení havárií, jejich zneškodňování a odstraňování jejich škodlivých následků
12. Vyhláška č. 5/2011 o vymezení hydrogeologických rajónů útvarů podzemních vod, způsobu hodnocení stavu podzemních vod a náležitostech programu zjišťování a hodnocení stavu podzemních vod.