Ochrana přírody stojí na zákonu, kde platí téměř beze změny již 18 let

Odbor ochrany přírody pracuje na základě velmi progresivního zákona o ochraně přírody a krajiny, který s drobnými úpravami platí od roku 1992 dodnes. Další významné kompetence získal odbor v roce 2000 novým zákonem o geneticky modifikovaných organismech (GMO) a v roce 2003 zákonem o zoologických zahradách. V roce 2004 při vstupu ČR do Evropské unie došlo k dílčím legislativním změnám. Byl novelizován zákon o ochraně přírody a krajiny a právně byla ukotvena evropská síť chráněných území, známá pod názvem NATURA 2000.
V obecné ochraně přírody jde především o významné krajinné prvky (VKP), péče o krajinu (revitalizace), krajinný ráz, obecnou ochranu ptáků a problematiku ochrany dřevin. Kontroly dřevin rostoucí mimo les v poslední době vpočtu správních řízení a uložení sankcí dominují. Jejich ochrana se stala jistým leitmotivem stížností a podmětů veřejnosti.
V druhové ochraně je problémem zasahování do přirozeného vývoje (biotop) a přímé ničení zvláště chráněných druhů živočichů a rostlin v souvislosti se stavební činností.

Ochrana ovzduší v sobě zahrnuje i ochranu klimatu

Odbor ochrany ovzduší  se podílí na vlastní ochraně ovzduší, ochraně klimatického systému a ochraně ozonové vrstvy Země. Slouží  mu k tomu zákon o ochraně ovzduší, nařízení Evropského parlamentu o látkách, které poškozují ozónovou vrstvu a nařízením Evropského parlamentu o skleníkových plynech. V poslední době je věnována zvýšená pozornost jak kontrolám stacionárních zdrojů znečišťování ovzduší (polétavý prach, polycyklické aromatické uhlovodíky, ozón). Kontrolní činnost inspekce je doprovázen rozbory za účelem identifikace regulovaných látek a fluorovaných skleníkových plynů. Kontrolní činnost tohoto odboru musí být koncipována jako integrovaná, tedy spojená ochrana ovzduší, ochrana klimatického systému a ochrany ozonové vrstvy Země.

Zákon o odpadovém hospodářstvím byl opakovaně novelizován

V kompetenci odboru odpadového hospodářství je kontrola dodržování předpisů v oblasti nakládání s odpady, obaly, chemickými látkami a biocidy. Právním základem pro činnost tohoto odboru je zákon o odpadech. Tento zákon byl již 15krát novelizován a v současnosti se připravuje jeho nová verze. Nakládání s obaly je upraveno zákonem o obalech. Odbor odpadového hospodářství se rovněž řídí zákonem o chemických látkách a chemických přípravcích. Nově se inspekce zabývá i kontrolou a povinností vyplývajících z nařízení REACH.

Ochrana lesa hledá principy udržitelného rozvoje lesa

Složka lesa má za úkol zamezit ohrožování a poškozování lesních ekosystémů, zvláště těžbou a dopravou dříví či ataky na slibně se rozvíjející trend v uplatňování přírodě blízkých způsobů hospodaření v lesích vedoucích k rozmanitějším věkovým, prostorový a druhovým strukturám lesa a k rozvoji biodiversity.
Inspekce v ochraně lesa zjišťuje nedostatky a škody na funkcích lesa, hledá její příčiny a osoby zodpovědné za jejich vznik či trvání. Vyžaduje odstranění či nápravu zjištěných nedostatků, ukládá a kontroluje opatření k nápravě. Složka lesa se řídí zákonem o lesích a zákonem o ochraně přírody a krajiny.

Ochrana vod má v kompetenci i poplatkovou agendu za odběry

Složka ochrany vod se podle zákona o vodách zaměřuje především na vypuštění odpadních vod do vod povrchových a podzemních, vypouštění odpadních vod s obsahem zvláště nebezpečných závadných látek do veřejných kanalizací, výstavbu, provoz a údržbu čistíren odpadních vod a jiných zařízení ke zneškodnění, snížení nebo odstranění znečištění vod, ochranu povrchových a podzemních vod před znečištěním závadnými látkami, které nastává především při manipulaci s těmito látkami ve větším rozsahu, ochranu povrchových a podzemních vod před znečištěním závadnými látkami ze zemědělských provozů a dodržování principů nakládání s těmito látkami ve zranitelných oblastech.
Do základních povinností dle uvedeného zákona patří poplatkové agendy za odběry podzemních vod a za vypouštění odpadních vod do vod povrchových.
Inspekce  eviduje havarijní úniků závadných látek, spolupracuje s vodoprávními úřady při šetření havárií. Značné pravomoci Inspekci vyplývají při ukládání opatření k nápravě na úseku vypouštění odpadních vod, nakládání se závadným látkami, a to i z období před privatizací, neboť odpovědnost nepřešla na nové majitele.
Dalším zákonem, který má ochrana vod v gesci je zákon o prevenci závažných havárií. Inspekce kontroluje m.j. kontroluje jak provozovatelé dodržují ustanovení zákona. Organizuje a koordinuje kontroly ostatních kontrolních orgánů.