ČIŽP je institucí s celostátní působností. Organizačně je členěna podle věcné a územní působnosti. Podle věcné působnosti se člení na 5 odborných složek (ochrany ovzduší, ochrany vod, odpadového hospodářství, ochrany přírody a krajiny, ochrany lesa) a integrovanou prevenci, na složku servisní (odbor ekonomiky a personalistiky, odd. technicko-organizačních služeb, odd. informatiky a informační techniky) a sekretariát (ředitele). Územně je ČIŽP členěna na ředitelství se sídlem v Praze a 10 oblastních inspektorátů: Praha, České Budějovice, Plzeň, Ústí nad Labem, Liberec, Hradec Králové, Havlíčkův Brod, Brno, Olomouc a Ostrava a 2 pobočky Zlín a Karlovy Vary
V současné době ČIŽP zaměstnává přibližně 663 pracovníků, z nichž 80% tvoří inspektoři oblastních inspektorátů a ředitelství.
 Každý OI je členěn na 5 odborných oddělení a sekretariát ředitele oblastního inspektorátu. V čele OI stojí ředitel oblastního inspektorátu. (Přehled sídel oblastních inspektorátů včetně kontaktů viz rubrika Kontakty.)

org. usp.xls