Za GMO je považován organismus, s výjimkou člověka, jehož dědičná informace uložená v DNA byla změněna za pomoci technik genového inženýrství. Je to jiným způsobem než běžným rozmnožováním a kombinací vloh rodičovského páru. Geneticky modifikovány mohou být rostliny, zvířata i mikroorganismy.

Inspekce se nezabývá kontrolou neživých či rozmnožení neschopných GMO, tj. např. GM zrniny po úpravě mletím, extrakcí apod. (kukuřice, sója, řepka – produkty z nich: např. kukuřičná, sójová mouka, krupice, řepkové, sójové extrahované šroty, oleje).